Pohádka o Popelase

Reagovalo či nereagovalo, v jedné eukaryotní buňce, vlastníc celou mitochondrii, si to katalyzovala bohatá vdovasa se třemi dcerasami. Boženasa a Dorotasa byly její vlastní dcerasy, ale ta třetí - chudák byla nevlastní. Ani nevím, jak se správně systematicky jmenovala, ale nikdo ji nenazval jinak než triviálním názvem Popelasa. To proto, že si to často difundovala mezi anorganickými ionty a vířila je matrixem.


Mezitím co Boženasa a Dorotasa si celé dny jen tak difundovaly, flákaly se Brownovým pohybem a o substrát ani nezavadily, Popelasa se činila a jak jen trochu mohla, tak si zakatalyzovala. Také se dobře učila. Zatímco její sestry již po třetí opakovaly druhou třídu, Popelasa patřila již mezi lyasy a vypadalo to, že brzy dosáhne met nejvyšších a bude moci ke svému názvu připojit titul dipl. enz. Macechasa jí záviděla a jak jen mohla, podstrkovala jí nespecifický substrát a semtam i nějaký ten inhibitor.


Jednou přišly Boženasa a Dorotasa z hlavní mitochondrie celé rozjařené. Slyšely, že v endoplasmatickém retikulu se pořádá ples, během kterého si mladý princ Kofaktor vybere svou životní družku. A hned žádaly matkasu, aby vyrazila na nákupy kovalentně modifikujících látek, ve kterých by se princi Kofaktoru líbily. Macechasa se žertem ptala Popelasy, zda chce také něco přivést. Popelasa řekla: "Nic drahého mi matkaso nekupujte, spokojím se s tím, co se vám cestou na Asp 127 přichytí." Matkasa pokynula doménou a vyrazila na trh do Golgiho aparátu.


Když se pak odpoledne vrátila a kovalentně své dcerasy modifikovala, všimla si, že jí na Asp 127 cosi silou 32 kJ/mol visí. "A to se podívejme, té naší umouněné se přání splnilo." A předala Popelase tři lysinové oříšky o úhrnné hmotnosti 390 Da. Tu jakoby z dálky ozvala se píseň: "Kdepak aktivní místo máš?" Všichni se rozhlíželi, ale zpěvák nebyl v dohledu, "vždyť inhibici málo znáš, málo, zdá se mi..."


Nešť, přišel večer a s ním odjezd na ples. Macechasa přišla k Popelase s mísou oxidačních a mísou redukčních činidel. "Aby tě nenapadlo jet náhodou za námi," řekla a obě mísy smíchala v jednolitou reakční směs, "až se vrátíme, vše bude ve svých správných oxidačních stavech, sic uvidíš." Popelase bylo smutno. Když tu odkudsi přilétly tři holubasy a daly se do reagování. "Popelaso nemeškej, odštěp epsilon-aminoskupinu z lysinu a uvidíš." Popelasa odštěpila a tu se lysin kouzlem proměnil v modifikační činidlo a oblékl Popelasu do zcela nové vyzáže. "Ale pamatuj, musíš odejít do půlnoci." Popelasa nemeškala a spěchala do endoplasmatického retikula. Jen stěží mohla zahlédnout, jak se jedné holubase začaly protáčet panenky střídavě doleva a doprava. "To zas na nás někdo měří cirkulární dichroismus. Jako by s tím už jednou nemohli dát pokoj lidi jedni achirální. Taky by se jim nelíbilo, kdybych se v nich hrabala a začala je zkoumat. Kámoš to zkusil a nadávali mu do prionů."


Zatím vrátný pan Chaperon vpustil Popelasu do endoplasmatického retikula a urovnal jí rozcuchaný účes z alfa-helixů. Ples byl dávno v plném proudu, ale princ Kofaktor si dosud žádnou z krasavic nevybral k reakčnímu tanci. Již dvakrát se téměř rozhodl, ale pak oddisocioval, neboť se mu nezamlouval tvar vazebného místa. Ale teď disocioval přímo k nové příchozí a pustil se s ní do reagování. To byl tanec. Produkty od těch dvou jen lítaly a princ se jentaktak stíhal regenerovat spřaženou reakcí. Tu se blížila půlnoc. Popelasa se vysmekla a utíkala ven z endoplasmatického retikula. Vrátný pan Chaperon byl již ospalý, nedával dost pozor, a tak Popelase odpadla jedna kovalentně modifikující molekula z lysinového oříšku, když procházela membránou. Princ Kofaktor ji sebral a zavolal stráže, aby ten krásný enzym dohonily.


Popelasa utíkala, ale spletla si cestu a zabloudila. Ocitla se v zcela neznámém koutě cytoplasmy a nemohla ani za nic najít cestu ke své rodné mitochondrii. Potkala dva zvláštní enzymy. Tlačily se okolo podivného zařízení a vypadaly značně nervózní. Byly to dvě vědasy - nadprůměrně inteligentní enzymy s vysokým obsahem nestandardní aminokyseliny iquinu. Tlačily se okolo přístroje zvaného makroskop. To je zařízení, kterým mohou enzymy pozorovat a zkoumat nás lidi. Byly do svého pozorování tak zabraní, že si sličné Popelasy vůbec nevšímaly. Ale zato se sem hrnuly stráže a ty si zase Popelasy všímaly až moc. Popelasa nevěděla, co má dělat. Za strážemi běželi totiž hosté z plesu a mezi nimi její sestrasy. Popelasa nechtěla být poznána. Odštěpila tedy epsilon-aminoskupinu z druhého lysinového oříšku. Lysin se proměnil v modifikační činidlo a udělal z Popelasy stařenu. Stráže okolo ní proběhly, ani si jí nevšimly. Boženasa a Dorotasa si jí všimly a ptaly se, zda tudy neběžely dvě děti. Popelasa dělala, že špatně slyší a řekla, že je asi půl třetí. Obě sestry se zamračily a oddisociovaly pryč.


Pro prince Kofaktora to byla katastrofa. Jediné, co mu zbylo, byla jedna jediná kovalentně modifikující molekula, kterou Popelasa ztratila v membráně. Rozhodl se k zoufalému kroku. Prohlásil, že enzym, kterému tato skupina padne, si vybere za svou životní družku. (Je poněkud zavádějící, že slovo enzym je mužského rodu, zatímco všechny enzymy jsou dle názvů ženského pohlaví.) Putoval buňkou s ministrasou a zkoušel. Enzymy se k němu jen hrnuly, ale žádnému kovalentně modifikující molekula nepadla.


Už zbývalo navštívit poslední mitochondrii v buňce. Zklamaně k ní princ Kofaktor difundoval, naděje ho již opouštěla. Zato macechasa se svými dcerasami plné naděje se pilně připravovaly. Macechasa na ně vázala různé reakční skupiny, aby se na ně kovalentně modifikující molekula při zkoušce navázala. Popelasa zůstávala o samotě. Když byl princ Kofaktor za membránou co by vodíkem dohodil, macechasa pro jistotu imobilizovala Popelasu k jednomu membránovému enzymu, aby ji Kofaktor nenašel.


Obě dcerasy prošly zkouškou a jak se dalo čekat, špatně. "Ale genomová matrika říká, že zde s vámi žije ještě jeden enzym," zjišťoval enzym ministrasa. Macechasa chtěla říci, že to není pravda, ale vtom se objevila Popelasa svatebně kovalentně modifikovaná a nad ní tři holubasy volaly: "Ta imobilizace byla vratná, vratná, vratná..." Princ Kofaktor podal Popelase kovalentně modifikující molekulu, která dosud žádnému enzymu nepadla, a ta se rázem navázala, jako by na Popelase byla odjakživa. Macechasa s dcerasami padly na kolena a prosily Popelasu o odpuštění. Ta jim odpustila a ještě je obdarovala.


A byla velká svatební reakce. A jestli nezhydrolyzovali, tak tam katalyzují dodnes.






Inspirováno pohádkou Josefa Lady O Popelákovi






Martin Hassman